בשליש העליון של הפתח, וכך נפסק בש"וע (סי' רפט). כשמקור הדין הוא במסכת מנחות (לג.), שם יש בעניין זה מחלוקת אמוראים, וכן חלקו להלכה הרמב"ם והרא"ש. ומרן השו"ע פסק שכדאי לחוש לדעת הרמב"ם ולקבוע את המזוזה ממש בשליש העליון.
אגב התוספות בסוגיה (מנחות שם) מופיע שכמו שלמדו על מקום הנחת המזוזה מתפילין, כן לומדים גם לגלילת הספר תורה שצריך שהאבנט יהיה בשליש העליון. ולמדו זאת מהשוואה של "וקשרתם" – "וכתבתם".