מותר להשתמש במסנני מים בשבת לכתחילה.

דברי המשנה: נותנים מים על גבי השמרים בשביל שיצולו, ומסננין את היין בסודרים, ובכפיפה מצרית. רש"י: נותנין מים בשבת, על גבי שמרים הנתונים במשמרת מבעוד יום.
כפי שהגמרא אומרת בשם זעירי: נותן אדם יין צלול ומים צלולים לתוך המשמרת, ואינו חושש אבל עכורין לא.

כשהמים ראויים לשתייה, אין איסור לתת לתוך המשמרת. בשונה ממים עכורים, שהדבר אסור משום בורר, כאמור במשנה (קלו.), שאסור לתת שמרים במשמרת בשבת כדי שיסתנן היין כי הוא מתקנם לשתייה. כן אין איסור בסינון משקה, אם אין תיקון למשקה לשתייה, משום ששותים אותו כמות שהוא.

ולכן מותר לסנן בשעת הגתות. וכדברי רש"י: בין הגתות שנו – שכל היינות עכורין, ושותין אותם בשמריהם, הלכך אין כאן תיקון, דבלאו הכי משתתי. בכך מתבאר, שכשנותנים מים על שמרים כדי שהמים יבלעו  מהטעם של היין, ואח"כ יסתננו מחדש, אין בדבר  איסור, כי לכתחילה היו המים ראויים, ואם כן הסינון לא תיקן, אף על פי שכשהיו מעורבים עם השמרים לא היו ראויים כלל לשתייה עד שיסתננו.

אם כך, מותר לסנן משקה בכלי, אם אין בכך תיקון, והוא ראוי לשתייה גם לפני הסינון.
ומותר גם לסנן משקה שבשלב הסינון עצמו הוא  אינו ראוי לשתייה, ואף כשהאדם מעוניין באותו סינון, שעל ידו משתבח המשקה.

וכך פסק השלחן ערוך' (או"ח שיט, ט-י): משמרת, אפילו תלויה מערב שבת, אסור ליתן בה שמרים. אבל אם נתן בה שמרים מערב שבת, מותר ליתן עליהם מים כדי שיחזרו צלולים לזוב.
יין או מים שהם צלולים, מותר לסננן במשמרת. הגה: ואף על פי שיש בו קסמין דקין, הואיל וראוין לשתות בלאו הכי (סמ"ג). ואם הם עכורים, בין מים בין יין, אסור לסננם.
במסננים המים ראויים לשתייה  ורוב שותים מים כמות שהם. ומרן המשנה ברורה הכריע כדעה הראשונה.
מים שאינם ראויים לשתייה בתוך הפילטר,  כאשר תתחדש הזרימה הם ימשיכו ויעברו את תהליך הסינון, עד שיזרמו מים נקיים. מכיון שהמים אינם מסתננים בפני עצמם, אלא כשתתחיל זרימת מים חדשים, הרי זה כמו ששופכים מים על שמרים  לשיצא מהם מעט מהיין הבלוע בהם, ויתערב עם המים הנשפכים עליהם, ויסתננו יחד, הרי האדם שפך למשמרת מים ראויים לשתייה, ונמצא שלא תיקן אלא השביח את המים. וכפי שכתב מרן החזון איש (או"ח סי' נג): ואם משמרת שעל הברזא תלויה בשביל לסנן המים מן החול – אם רוב בני האדם אינם נמנעים מלשתות המים בלא סינון, מותר, וכדאיתא בשו"ע (שיט,י). אבל אם החול מרובה, שאין הרוב שותין מהן בלא סינון, אסור. ואפילו כשכבר נתקבץ הרבה חול במשמרת, נראה דמותר, ואע"ג דכשבאין המים במשמרת, כבר יש שם חול מרובה, מכל מקום – כיון שהמים הנקלחין על ידי האדם בפתיחת הברזא, הם מים צלולים, אע"ג שאחר כך מתערבים עם החול, וחוזרים ומסתננים, אין זה מלאכת בורר, וכדתנן (קלט,ב) בנותן מים על גבי המשמרת התלויה מערב שבת, כדי שיחזרו השמרים צלולים, ואע"ג דהמים המתערבים עם השמרים וחוזרים ומסתננים, כיון דנתן צלולים, לית לן בה, וכמו שכתב במשנ"ב שם ס"ק ל"ג בשם הלבוש. ואפשר שאין חול מתערב כלל עם המים, אלא החול נכבש ועומד במקומו, ואינו מתערב.

וגם בשפיכת מים יוצאים טיפות עם היין מתוכם, וטיפות אלו בלועות בשמרים זמן רב קודם, וזה גופא מתירה המשנה   .ואין כאן מעשה ברירה כלל, וכפי שכתב ה'חזון איש' הנ"ל וכיון שנתן צלולים לית לן בה. המים העכורים המצויים במשקע אינם הסינון, הרי צריך להחליף את המסנן כאשר מתחיל להצטבר חול , ואין דעתו של המשתמש עליהם אלא על המים החדשים, והרי זה כמתעסק בעלמא, והסינון אינו חלק מהותי מפעולת סינון המים הצלולים אלא נעשית על מנת לשתות את המים הזורמים שנכנסו כרגע למערכת ולא בשביל לסנן את המים העכורים.

כשם שבמעלית שבת על אף שנוצרת אנרגיה, ליכא מלאכת מחשבת שאסרה מהתורה. כך אין איסור בפתיחת הברז כיוון שבין כך ובין כך, היו מגיעים לפי הברז מים צלולים, באותה כמות ובאותו חוזק.